Мне сложно казать в чем дело, потому-что у меня (и не только у меня) все работает.
запусти еще раз игру, если при райт-клике на гарнизон на карте окошко квадратное и раскрашено неправильно - значит это не хд, а если прямоугольное и раскрашено правильно и если при наведении мыши на портрет героя в менеджере приключений в статус-баре отображаются очки перемещения (2.57) то это хд 800х600.
При запуске Heroes3HDSetup.exe файлы _HD.exe создаются автоматически, а вот измененное разрешение применяется только если нажать Apply and Launch или Ok.