Если сделать связям для верфей тип "случайно", то зоны будут располагаться симметрично относительно центра — возможно, так будет лучше.
Также могу порекомендовать добавить на схему несколько пустых подземных зон с фиктивными связями с наземными зонами. Если респ будет соединяться с центром через подземную зону, то генератор может расположить его дальше от центра, и будет больше пространства для воды между самой зоной и центром (при этом в игре подземка не будет использоваться). Не уверен, насколько это реализуемо, тут следует озаботиться правильной нумерацией зон, опцией отталкивания и прочими тонкими настройками.