Убрать файлы из дерева файлов и папок нельзя инструментарием редактора. Все ссылки генерируются и сохраняются в index.bin, если грамотно разобраться в его структуре, то можно будет убирать ссылки руками (спойлер: это возможно).

Редактор не работает с архивированными файлами (карты — это архивы). Он сначала распаковывает их во временную папку Editor/H5MMods/ИмяКарты/, потом в течение работы с картой изменяет файлы там, по закрытии карты или выборе Resource => Pack MOD архивирует обратно. При этом плашка [MOD: some path] в заголовке приложения означает, что сейчас редактор работает в папке с разархивированными данными. Для выхода из такой папки нажмите Resource => Close MOD (на панели инструментов), при этом работать редактор станет в директории data — без предварительной распаковки/упаковки.

Учтите, что каждое открытие карты стирает предыдущие файлы из Editor/H5MMods/ИмяКарты/, поэтому работа с картой как с архивом будущего мода — методика неправильная.