Если изменять параметры объектов, то это распространяется на все карты. Но это не является большой проблемой, так как все так делают и давно стандартом стало держать в папке maps только одну карту в которую играешь.
Но можно ещё создавать копии объектов, давать им уникальные имена, чтобы они не перекрывали ресурсы игры, и тогда ничего влиять не будет.