Скажу про себя. Особо не заморачивался. Просто сначала скопировал папку с игрой на другой логический диск (ничего не сносил и неправил).
(игра была да диске D, а скопировал - на E)
Далее, просто запустил патч 3.1. - на ранее установленную игру (на диске D). Теперь все в норме.
Если надо играть в версии 3.1. - запускаюсь с диска D.
Если надо играть в версии 3.0. - запускаюсь с диска E (т.е. то, что скопировал, перед установкой патча 3.1.)
Единственно, что - теперь сейвы и реплеи общие (для обоих версий) - на диске С (в документах).

Добавлено через 4 часа 10 минут
По поводу изменения баланса в игре с нейтралами....проверял мало,но:
1. Версия 3.0. - например, был бой - ГГ (15-й уровень, орк) четырьмя отрядами по единичке 1-го уровня - выносил 25 архимагов (четыре отряда)......ИИ компа тупил, когда не надо - маги карающий удар кастовали и др....
в версии 3.1. тот же самый герой - итог боя тот же, - победа над магами (ну не идиотизм ли - 4 шт. юнита 1-го уровня успевают вынести 25 арихимагов, с небольшим НО - у ГГ есть пулемет и ОСы )
2. второй случай - в версии 3.0. - четырьмя отрядами по единичке 1-го уровня выносят 4 отряда пещерников(маги) - в сумме кажется 22. - мои потери - 1 шт. Пещерники глупостями занимаются - например кастуют разрушающий луч
а вот в версии 3.1. такая шутка уже не проходит - так, как они сразу бьют огненным шаром!

Получается, что немного подправили баланс боя с нейтралами, поэтому, станет играть веселей!