Можно ли создавать карты с количеством уровней больше двух? Теоретически мне это кажется возможным, ведь в "Хрониках героев: повелитель стихий" была одна карта аж с тремя уровнями.

Денис17, в "Героях-3" такой возможности нет.
1. В "Возрождении Эрафии", "Клинке Армагеддона" и "Дыхании смерти" есть только 2 уровня: наземный и подземный.
2. "Хроники героев" созданы на движке игры и программно, в плане геймплея, ничем от нее не отличаются: никаких новых особенностей там нет.
3. Открыл сейчас в редакторе кампанию "Повелители стихий" (есть все эти кампании в виде отдельных файлов). Давайте посмотрим:
1-й сценарий - 1 уровень;
2-й сценарий - 2 уровня;
3-й сценарий - 1 уровень;
4-й сценарий - 2 уровня;
5-й сценарий - 2 уровня;
6-й сценарий - 1 уровень;
7-й сценарий - 2 уровня;
8-й сценарий - 1 уровень.
Если вдруг вам удалось найти карту или кампанию, где действительно есть 3 уровня - просим ее в студию!
Идея о третьем уровне карт была озвучена в первоапрельской шутке 2011 или 2012 года на WoG-форуме, где был анонсирован "выход новой версии WoG" с двумя новыми городами, монстрами девятого уровня, надземным уровнем карт и прочими интересными нововведениями. Но это была только шутка...
Может быть, однажды найдется мододел или команда, которая сможет реализовать такую идею, но она потребует правки/переписывания огромного объема кода. Пока на такое всерьез никто не замахивался.