Менеджер совершает те же действия, что и пользователь, только делает это быстрее. Не пользоваться менеджером в 2000+17 - это я не знаю, как менталитет уровня сбора обмылков и одноразовой посуды.
Я использовал миллиард модов, часто пробуя, удаляя, перезаписывая, иногда меняя опции, и т.д. и т.п., и если бы мне приходилось всё делать ручками - я бы просто забил. Когда тот же NMM вышел, я отнесся к нему скептически, продолжая загружать файлы мануально, а потом попробовал и сразу стало ясно что это удобно, быстро и эффективно.