Затем что это быстрее и эффективнее. Можешь переключать моды одним кликом, а не выискивать какие файлы нужно извлечь из нескольких папок.
Большинство нормальных модов расположены в одном-двух очевидных файлах, а оставшиеся нет никакой нужды включать/выключать периодами.
Так что для меня лично это лишняя сущность.