Mercurial-А еще не приятно то, что когда ты перестраиваешь и не фиксируешь - получается так, что ты платишь не за что, просто за возможность дальше перестраивать
Получается старая перестройка была в разы профитнее, или я что-то не правильно понимаю

Ты платишь всегда за изменение заклинания. Если ты его не зафиксировал сразу, то потом зафиксировать можно в любой момент бесплатно. Изменить — только за плату.

По цене выкапывания ДД/ТП исследование не отличается от перестройки (ТП даже дешевле, не нужно строить ГМ5, плюс можно исследовать параллельно строительству, в частности, как написал Лизард, в день отстройки ГМ). Но при исследовании промежуточные заклы ты не получишь в книгу, только сам итоговый ТП/ДД (и то, что было в начале).
В случае ТП, впрочем, можно зафиксировать какой-нибудь берсерк и продолжать исследование во втором слоте. То же с библиотекой в Башне. Но изучить все заклы игры с одной ГМ не получится.