Ну, это не ко мне вопрос.
Если бы я пробовал делать, установил бы джамп в конец файла (там много бесполезных нулей) и потом обратный джамп. Откуда именно -- в IDA видно, в принципе, там она довольно грамотно всё дизассемблирует, список ID в exe-файле можно в ней найти.
Есть правда момент, что ассемблировать это потом обратно нельзя -- но для этого есть hex editor!
P.S. А вот те, кто правил exe на самом деле вроде бы пошли каким-то другим путём -- когда я сравнивал exeшник NCF и оригинальный, нули в конце NCFвского файла вроде были те же самые.