В комментариях к каждому навыку указано, что было удалено и почему.
В ряде случаев есть смысл оформлять эти перки в виде специализаций героев. В других случаях перки просто бесполезны, избыточны или ничего интересного не приносят.

Такие как могильный холод, например (нельзя усилить сам эффект).
Или отражение, защита нежити от магии, истощение магии, варварская удача. Защититься от хаоса можно в удаче (маг. сопротивление и двойное сопротивление) или косвенно в защите (через здоровье).

В более ранних итерациях было удалено меньше умений, но достигалось это за счет лишних костылей и меньшей логичности.
На практике хорошо выглядят навыки с 6-7 умениями, но 7 умений в ряде случаев тяжело придумать.
Например, проблемы были с атакой и защитой (по 5 натуральных перков), уже шестой пришлось придумывать (атакующий/защитный стили).

Некоторые умения имбалансны.
Например, огненные стрелы - абсолютно дурацкое умение. Разгоняет урон баллисты в разы. При том, что урон баллисты разгоняется в разы уже тройным выстрелом из машинок, машинерией, стрельбой, удачей и параметрами героя.
В итоге получается, что голая баллиста вообще не вносит никакого урона (в оригинале), да и без огненных стрел неубедительна.
Удаление огненных стрел и зависимости урона баллисты от уровня машинерии позволяет сделать стартовый урон баллисты достаточно высоким (соответствующий существу 6 уровня, а позднее и 7).