инструмент "штамп"

Штамп в нете копирует одну часть рисунка в другое место, работаешь как с кистью. В фотошопе то же самое, полагаю?

возможность различного пересечения слоев, (т.е. цветность, экран, осветленные основы и прочее)

Наверное, нет, во всяком случае я не понимаю, о чём речь. В нете есть слои и можно настраивать их прозрачность. Можно, конечно, полностью менять изображение в пределах слоя, в том числе яркость, цветность (тупо смещением по спектру или же инструментом curves, который меняет цветность нелинейно) и всё такое, но тут, как понимаю, речь о необычных функциях пересечения слоёв в зависимости от цветности, такого нет.

редактирования изображения по уровням

Некий инструмент "уровни" есть, вот такой, но возможно это что-то другое.
Насчёт 3d, из коробки нет в помине, однако... Я удивился, но есть плагин. Там, конечно, ограниченное количество фигур, судя по описанию.

Код же тоже, чисто теоритически можно писать в блокноте? Но стоит ли?

Нууу, блокнот это что-то уровня обычного пейнта, без нета, а вот в Notepad++ писать что-нибудь, скажем, питоновское вполне удобно и я так делаю.
Почему я в принципе работаю с этой штукой -- потому что я лично фанат недооценённых вещей. Практика показывает, что часто (не знаю, так ли в этом случае, но в общем случае часто) люди бездумно пользуются чем-то по привычке, либо становятся жертвами хайпа, и потому выбор производят не оптимальный. В случае с шопом не оптимальность заключается в том, что это вообще-то платный софт. Да, какая-нибудь Майя тоже, но она не имеет в данном случае аналогов, а шоп имеет. Потому и встаёт вопрос, зачем он в принципе нужен и так ли надо идти на сделку со своей совестью или кошельком в данном случае.
Надо сказать, что да, как минимум если речь о поддержке 3d, и если это действительно используется при создании текстурок, то тут по-видимому действительно Вы правы... При условии, что там это лучше сделано.