Чтобы понять, какие из Hole tiles клетки нужно удалять, достаточно знать лишь где находится центр. Узнать, где находится центр, очень просто: в Objects Properties Tree найти Pos => + => Выставить любую координату, нажать Enter. А потом посмотреть сверху на город, наведясь на клетку с теми же координатами: клетка, находящаяся на координатах, заданных вручную через Pos, и есть центральная.
Проще удалить все Hole Tiles, а потом при надобности добавить + проще создать свой город, а не изменять старый.