1) Мне кажется, ответ самоочевиден. Второе предпочтительнее, если реализовано гармонично, интересно и в меру балансно. Поскольку выполнить все три пункта весьма трудозатратно, то линейная прогрессия как заменитель тоже норм, лучше чем плохенькая реализация "идеальной" системы.

2) Честно говоря, если нельзя мультиклассоваться хотя бы с ещё одной профессией, то скорее отрицательно. Потому что часто бывает, что концепт несколько сложнее того, что есть в списке классов. Но опять же, если в рамках класса есть достаточно вариативности при прокачке, то даже без мультиклассов должно быть норм.

Пример того, что мне норм (Pathfinder Kingmaker, других около днд-систем я не знаю): любые классы при лвлапе выбирающие себе слоты магии, а именно инквизиторы, барды, жрецы и т.д.

Пример того, что не норм: качать обычных воинов, варваров и т.д., конечно, уныло. Выбора минорных талантов явно недостаточно.

3) ЕЩЁ СЛОЖНЕЕ?
Если серьёзно, то какая-нибудь гибкая система, чтобы результат любого действия можно было прикинуть в уме исходя из статов/навыков персонажа -- это было бы прикольно.

Также когда-то думал о чём-то типа полностью свободной генерации персонажей. То есть чтобы игроки говорили, какую способность (способности) хотят, а ГМ определял их силу, ограничения и возможные слабые стороны численно, исходя из представлений о балансе и физике мира. Потом заносится в чарлист и играем. Но это видится мне дико сложным для реализации.

Бои в любом случае особо усложнять нет смысла. Конечно, можно было бы сделать систему поворота персонажей как в РИ3, например, но разве что это, и не факт. В остальном не вижу мест, которые достойны проработки в глубину.