Судя по всему проблема возникает из-за недостатка оперативной памяти на сервере.
Поэтому эта проблема возникает непостоянно, а временами.
Я немного поменял настройки базы данных, посмотрим поможет ли это лучше держать нагрузку.
Понаблюдайте некоторое время, если вдруг ситауация ухудшится пишите, буду думать, что еще можно сделать.