Waterfall_13.yml готовить не надо это уже готовый файл с настройками.
Ну представь себе что "Патчер" это автомат, а .yml это патрон. Нужно просто скачать патчер и закинуть его в корневую папку с игрой, в папку bin и там его запустить. Если там же в корневой папке с игрой в папке bin у тебя лежит .yml то тебе предложит вариант пропатчить им Запускатор(.Exe).
А дальше нужно прописывать списки и формировать внутренне строение папок с файлами, но папки с файлами ты уже сделал. По сути самое глобальное ты уже сделал, осталось научить Экзешник распознавать что ты сделал и написать ему список доступных существ.
А сам патчер то как запустить? Он расширение файла имеет jar. Винда видит его как архив, но внутри не вижу никаких exe файлов для запуска...