Мастер Чиф ведет войну не только с ковенантами, но и заразой the Flood, которая была заморожена в недрах кольца Хало и которую случайно пробудили ковенанты и люди. Предположительно, по вине Flood погибли предтечи - древняя раса, по видимому очень похожа на людскую, это они построили все эти Кольца-Инсталляции. В момент, когда почти вся раса предтеч была уничтожена заразой, кольца были активированы, что уничтожило все живое в округе. Но высшие Иерархи ковенантов, т.н. Пророки, используют кольца как ключ к великому очищению и избавлению, а сами называют ковенантов (соглашение, в которое входит шесть инопланетных рас) мечом в руке истинного бога. Их бога, Halo, этого кольцеобразного строения.