Напишу свое ИМХО:

Лично я беру скиллы всегда под какую-либо конкретную цель. Напр., очевидно, что если я иду на соперника имея в кармане берсерк, и базовый огонь, то по пути прокачиваю именно огонь, отказываясь от всего остального.

А так в общем:

1) логистика-то отчего не отказываются(почти никогда).
2) земля, для лошков экспертная земля резко повышает их пробивную силу, для главных тоже, плюс надежда на ТП, Взрыв, Воскрешение, Анимацию мертвых за некров, Антимагию(!), и еще есть неплохие заклы.
3)силовые скиллы-атака, защита, ну тут без комментариев, если ставка идет на стрелков, то стрельба тоже.
4)мудрость, как правило, но иногда стоит забить на нее.
5)сопротивление-главгером практически никогда не отказываюсь
6)любая другая школа магии(тут по ситуации), в принципе воздух чуть ценнее считаю для файтера.
7)поиск пути - по ситуации
8)баллистика - под конкретную цель только (напр раш на 2-й)
9)артиллерия - если атака большая то часто беру, на 2,3-й баллиста вполне может заменить титана

Очень круто считаю иметь одного из героев с разведкой, грамотностью.

Обучение - не люблю.
Навигация, орлиный глаз - бесполезны. И мистицизм туда же (за исключением спецов).

Дипломатия - бан.

Лидерство - слабый скилл, кроме случаев, когда приходиться с некрами комбинировать.
Удача - слабый скилл, она катит, когда фиксированный урон у юнитов, или двойная атака (некрорыцари, марксмены)

А вот если удача выпадает штормам, или собакам, то те наносят половинный урон от максимального. Так что любую школу магии предпочту им.

Ну и тактика-это круто, особенно в начале игры.

Интеллект - тоже бывает неплох, но обычно беру под что то конкретное, например, если нашел свиток взрыва , ну или просто в расчете, на то что в битве количество маны решит.

Если качается маг, то ему чуть другие скиллы катят: мудрость, школы магии, интеллект, защита, иногда колдовство, ну и все прочие файтерские скиллы. Баллистика за мага гораздо полезней.