В фотошопе выбираешь инструмент "Кадрирование", выделяешь область которую надо оставить, жмешь правой кнопкой и выбираешь "кадрировать". Потом в меню "сохранить как" и выбираешь формат, который нужен (jpeg к примеру).
Вообще для этой цели много прог есть. Я, например, конвертирую через IrFan Wiewer с плагином Shell exstention (быстро и удобно, можно пачками), а обрезаю обычным Picture Manager (из Оффиса)
А если переустанавливать игру сейвы не пропадут 
?
Да не должны - они лежат в моих документах/My Games. Но на всякий случай можно сделать резервную копию сей папочки
ЗЫ. А насчет прозрачных пикселей Зубр верно сказал, я про это как-то не подумал
Тут уже Picture Manager не поможет
