Под фразой "дело в другом" может подразумеваться много чего, например:
дело в другом, но не знаю в чем именно
дело в другом (подразумевая другие мои варианты, в том числе уже озвученные)
дело в другом (подразумевая мою паранойю)
и т.д.
в силу третьего примера я предпочитаю придерживаться второго)