Огоньки -- это действительно эффекты. Во время игры настройте камеру вертикально, зажмите Ctrl и тогда возле курсора Вы увидите координаты. Запомните их (или запишите), откройте редактор и поудаляйте то, что там находится (если ничего не видите, всё равно выделите клетку с этими координатами и нажмите Delete, я бы так сделал).
Чёрная вода? На втором скрине всё нормально. На всякий случай: если делаете воду через water (в Terraforming), то цвет воды зависит от цвета поверхности под ней. Если через Terra skin->rivers->water, то не зависит, поэтому можно покрывать первую воду (как бы морскую) второй для красоты.