1)Сажать ЛКМ, растянуть окошко, чтобы выделить сразу много объектов, потом Delete.
2)Если новые объекты перемешаны со старыми, поэтому первый способ для Вас плох, то есть такая мысль: открыть файл map.xdb в архиве блокнотом, пролистать его до завершающего тэга
и удалить там последние объекты столько, сколько нужно.