Мод лечит автоматически, даже если просто загрузить в моде сейв с багом, возникшим при игре без мода, то он обычно сам вылечивается. Если само не вылечилось, то нужно навести курсор на багнутый объект (двойника героя, вход в серый замок) и нажать левый шифт + F2.
Если баг заигран, то может и не вылечиться, поэтому лечить надо сразу, а ещё лучше просто играть с модом и не знать таких проблем, тем более сейчас настройки позволяют добиться максимального комфорта.