Если я загружаю сейв у меня будет реконструироваться первичное дерево скиллов или то что у него?
А разве существуют патчи на деревья? Их ещё никто не открывал афаик. Деревья даже в ВТ берутся с содовских героев. То есть точного доказательства нет, но 99% - что не меняется.