Так это, арены надо делать внутри карты. Или Вы так и делали? Если так, то не беспокойтесь, что что-то пропадает, оно всё равно должно быть внутри архива.
Сам я арены не делал, признаться, но я спокойно открывал их редактором, чтобы найти нужную мне. Кстати, Вы тоже можете попробовать, если у Вас нет цели создать что-то совершенно оригинальное.
По поводу хранения: очевидно, в data.pak по тому же пути, что и в редакторе. Scenes/бла-бла-бла.

Ещё один вопрос, при отрицательном ответе на который теряет смысл предыдущий. Можно ли при сражении с определённым героем указывать определённую арену? А включать определённую мелодию?

1)Разумеется, в мануале про StartCombat всё написано в этом плане.
2)Кажется, я видел параметр самих арен, задающий музыку. На всякий случай проверю.
----
Да, всё верно, есть параметр Music. Но он почему-то не используется разработчиками, так что не факт, что работает.