Например Атом никто и никогда не видел своими глазами, его определили по вторичным признакам.
но мы приняли эту информацию как истину, не имея никаких доказательств.

Ты его видел, слышал, обонял, осязал, чувствовал на вкус?
Я не говорю что его нет, я говорю о том как нам это доказали?!

Что за ересь? {facepalm} Вот скажи, что есть первичный признак? Зачем нам нужно видеть или осязать атомы? Зачем нам доказывать их существование? Атом, как и всё, чему даёт название человек, существует ПО ОПРЕДЕЛЕНИЮ. Термин изначально был задуман для того, чтобы обозначить объект. Если объект в действительности имеет не совсем такие свойства, как считалось изначально, это никак не сказывается на существовании объекта, в данном случае атома.
Приведу пример: изначально считалось, что закон притяжения -- это когда все объекты кроме там всяких звёзд-Солнц притягиваются к Земле (может, я утрирую, но смысл не в точной формулировке, так что примем пока так). Затем умные люди догадались, что силы гравитации действуют для всех макроскопических объектов. То есть закон гравитации оказался другим. А теперь вопрос: нам надо было видеть, слышать или обонять его, чтобы сказать, что он есть? Нет. Мы прекрасно по косвенным признакам определили его существование. Сам закон гравитации был определён неверно, но мы знали, что он есть. Также и с атомами, микрочастицами, с нами самими и с нашей планетой. Все эти объекты могут представлять из себя вовсе не то, что мы считаем в силу текущего развития науки и ограниченности нашего мышления в принципе. Но они точно есть, что бы мы не подразумевали под этими терминами.