Это явный баг игры, и ошибка в логике кода там очень хорошо видна. Собственно, нейтральные зоны - это -1 - признак конца таблицы, а лишние замковые - 0 - пустые места после конца таблицы.

Вопрос, я так понимаю, касается в первую очередь нейтральных жилищ, пандор и провидцев? Их реально не должно появляться по оригинальной задумке, они - результат бага.
У меня есть код, который в дополнение к исправлению бага делает, чтобы независимо от почвы с определённым шансом зона без города становилась нейтральной. Если baratorch посчитает нужным, он сможет включить его в HD.

Кстати, интересно узнать, как вообще мультиплеерщики относятся к нейтральным зонам. Пока я вижу только что с момента выхода той версии никто на их отсутствие не обратил внимания.