fills - выбираете кисть, выбираете деревья, водите по карте, нажимате fill. То, что вы выделили, заполняется деревьями того типа, который Вы выбрали в том меню.
regions - создание регионов для скриптов. Только для них.
masks - блок той клетки или клеток, которые выделены masks. По ней нельзя будет пройти, даже если она полностью открыта и тп и тд.
Все это есть в мануалах, уже даже переведенных на русский язык.