Пожалуй, в твоей двоичной схеме меня больше всего напрягает идея перегруженных перков, когда на те или иные базовые перки приходится слишком большая нагрузка (4+ перков). Это означает, что данный перк брать обязательно как проходной, а не в силу его полезных свойств.
У меня тоже были подобные недостатки. Например, в ветке удачи изначально и магическая, и воинская ветки шли от солдатки, таким образом аж 4 перка шло от солдатки. В итоге я решил, что больше 2-3 дочерних перков делать нельзя. Более того, даже 3 дочерних перка режут глаз (у меня такая исключительная ситуация есть только в свете (гнев-печать+сумерки и телепорт) и при некоторых ультимативках).