Нужна чёрная прозрачность. То есть 0,0,0 по RGB и альфа канал -- в полную прозрачность.
Когда замазываешь в пейнте или фотошопе ластиком, он делает белую прозрачность (ff,ff,ff по RGB, но с альфа-каналом, да), а игра это интерпретирует, как белый цвет. В итоге куча белых пятен.