Не замазывать ластиком, а вырезать пиксели и вставлять на основу с правильной прозрачностью, например.
В качестве основы -- где-то в дата.пак лежали пустые иконки, их можно использовать. Либо самому сделать -- в пейнт.нет инвертирование пикселей с белой прозрачностью успешно создаёт чёрную, например.
В общем, способов несколько. А проверять цвет пикселей как обычно, пипеткой.