У меня пару раз бывала такая лажа. Но методом научного тыка я нашел тогда выход, его и советую сейчас. Удалять-то ненадо, просто вырубить. Они могут распознавать патч как program-invader и без запроса действий недавать выполнять свои функции. Хотя, также возможен вариант с неправильными записями реестра. Если там не тот путь, патч может тупо писать файлы в другую директорию. Проверить патч на глюки можно следующим образом: установим патч 1.5(к примеру), а потом попытаемся установить 1.1(опять-таки к примеру). Если патч пашит правильно, при попытке установки более ранней версии, пошлет.