После шаманства с редактором, всё заработало.
1. Убрал свой .pak
2. Я создал пустые нужные мне файлы .xdb (AdvMapObjectLink и Texture для внутриигровых иконок)
3. Заполнил их вручную через Notepad++
4. Проверил их после того как вернул .pak
5. После проверки, запихнул их в .pak и удалил оригиналы из папки data
6. Всё работает как нужно. Отсутствует иконка в редакторе карт, но это не беда, можно будет сделать позже или вообще забить.

Вывод: проще всего пользоваться способом Хаттабыча. Мой способ родился из моей лени заново вводить все нужные элементы. Как видно, этот способ легко запороть, хотя он в принципе подойдёт для таких как я у кого герой уже есть, но был сделан вручную, и лень его переделывать через редактор.

Лень - двигатель прогресса. Но, в моём случае, это двигатель который нужно чинить почти на каждом шагу и заправлять бензином внимания и труда. Мой способ, конечно, работает, но Хоттабыч в итоге абсолютно прав и его способ работает гораздо лучше.

Я его так и не проверил, но доверюсь на слово, ведь что-либо делать дальше с новыми героями я, на этот момент, не особо хочу)

Добавлено через 1 минуту
У меня герой теперь может быть поставлен на любой карте вне зависимости от мода. Пока .pak находится в data, всё будет работать. Скорее всего, index.bin тоже необходим, но я может смогу его запихнуть в сам .pak

Над этим я буду работать позже.

Добавлено через 14 минут
Судя по всему, я могу без проблем запихнуть index.bin в .pak с моим героем и всё работает. Ну что сказать... кажется я разобрался как это всё работает. Проверю ручной способ добавления нового героя через какое-то время. Я не думаю что это будет проще чем через редактор, но я хочу поэкспериментировать чтобы потом меньше с редактором бодаться если я захочу что-то добавить вручную ещё раз.