А вы настроили SoD_SP?
А вы пробовали отключать SoD_SP и пропускать ходы без него? Еще и HD+ попробуйте отключать - будет разница или нет?
И еще на всякий случай спрошу: на какой сложности проходите? ИИ может вести себя по-разному на разных сложностях, и, возможно, на легкой и нормальной он "трусит" и не делает чего-то, что должен для продвижения сюжета.