Черезчур мудришь, как мне кажется. К примеру, зачем так много поликов на башне-трубе? В итоге же все равно сильно ужмешь её и будешь запекать одну на другую, где то что то не сойдётся, пойдут артефакты. Не проще ли сразу использовать лоу польку с настроенными группами сглаживания и запекать её саму на себя.

Насчёт примера с арками не совсем понял. Ты в итоге будешь печь их на плоскую поверхность? Не выйдет криво? В любом случае на этих арках и "лесенках" действительно много полигонов получается. Как я бы поступил, при условии что модель для глобальной карты, и игрок будет рассматривать её издалека, я бы сделал сплошную "лесенку" а арки и проемы вырезал бы альфой на текстуре, учитывая масштаб игрок не заметит разницы. Да и количество ступеней можно уменьшить, учитывая масштаб.
Здесь вопрос даже не в полигонаже, а в том что большое количество мелких деталей на маленькой модели будет слаборазличимо и может восприниматься как визуальный мусор. Если их сделать крупнее это может саму модель сделать более приятной глазу.
Сравни в оригинальной игре, насколько города на карте упрощены относительно того что видно в меню города.
К слову, если модель для меню города то тут конечно надо делать это геометрией.

Насчёт цепей, тут просто. Посмотри как сделана цепь инквизитора/монаха в игре. По сути тебе нужны два вытянутых плана пересекающихся крестом. На них альфой вырезать цепи.
Вот пример, только здесь автор немного усложнил схему добавив объёма звеньям цепи. При масштабе твоей модели я думаю это лишнее, но и полигонов это много не съест так что, почему бы и нет.