Ну лично я вижу два логичных варианта как поступить с колесом:
1. Не трогать колесо вообще, ибо это тот ещё клубок запутанных нитей, но с учетом переделанных фракций, совсем не трогать колесо не выйдет, отсюда появляется второй вариант...
2. Перелопатить колесо и сделать его наконец адекватным - выровнять количество перков, удалить путанные связи между скилами и сделать прокачку общедоступных навыков единообразной для всех, а учитывая, что имеются 4 стихийные магические школы можно получить что-то сильно отличающееся от других проектов. Плюс ко всему, прокачка героя - часть ролевого отыгрыша персонажа - вещь важная и далеко не последняя - подбить эту часть игры под новые фракции будет только на пользу - простор для творчества, опять же индивидуальность проекта и более ёмкое погружение в атмосферу новых событий.