ForRest FayАнимация проблему не решает.
Как оказалось, развёртка UV также слетела и текстуры теперь накладываются вразнаброс.
Не буду утверждать со 100% но как минимум дыры в модели могут означать неправильно вывернутые нормали. То-есть какие-то из них смотрят не наружу, а внутрь модели.