За видимость объектов в файловом дереве отвечает index.bin
При работе с картой основной index.bin не меняется, а создаётся маленькая (несколько Кб) копия, которая после каждого открытия карты обнуляется и создаётся заново. Решение — работать с элементами через расширенный редактор и с закрытой картой, все изменения хранить в pak файле, а на карте всё будет видно