Моя догадка, что бардак в итоге произошёл из за того, что, по ходу развития проекта, систематизация ресурсов, по различным причинам, менялась на разных этапах разработки, а подгонять старые, уже внедренные материалы под новую структуру, было просто некогда.

Я не в коем случае сейчас не осуждаю разрабов. Они делали в первую очередь рабочую игру, а не красивую и удобную структуру файлов.

Возможно подобное могло произойти и с кодом. т.к.причины по которым менялась структура файлов, вполне могли повлиять и на изменения в структуре кода. Тут я не силен и просто делаю предположение.