Пример положительных (по крайней мере не вредных) мутаций - искустенное выведение пород собак и сортов растений. Люди отбирали нужные им признаки и скрещивали собак/растения так, что получали, скажем, больших, сильных и злых ротвейлеров, или ещё более больших и сильных, но миролюбивых сенбернаров и т.д. Согласно теории эволюции, то же самое происходит в естесвенной среде - только там отбор ведёт не человек, а условия окружающего мира.
Хотя нельзя не согласиться, что довольно трудно себе представить, например, этаких полулетающих птиц или полуплавающих дельфинов (жабры у них или лёгкие?...)