Вообще, именно из-за действия навыков-повелителей, по нормальному разделить магию на стихии не удастся
Не уверен, что хорошая идея, но Вы не рассматривали перенос навыков-повелителей в "Чародейство" и/или "Образование"? Правда, тогда придётся что-то придумывать, чтобы заместить навыки в самих школах, но можно осуществить обратный перенос с возможным усилением.