За исключением конечно тех файлов типо "GameMechanics\Creature\Creatures\Haven\Peasant.xdb " которые жёстко прописаны в коде.
эти пути же тоже можно менять, только переписывать в Creatures.xdb придется. или речь о чем-то другом?
вообще неплохая задумка, но лично мне кажется идеальной система разрабов, если бы она была полностью структурирована. т.е. пути ко всем ресурсам существа одинаковы и отличаются только корневыми папками.