Занимаемые клетки выставляются в файле отвечающем за объект на карте.
Там каждая клетка это отдельный айтем с координатами.
И этому айтему можно указать будет ли клетка активной или не активной.
А так же в этом же файле можно задавать "дырявые" клетки под объектом если модель уходит ниже уровня поверхности. Т. Е. Так например созданы города демонов и тёмных эльфов, с пропостями в городе.

Добавлено через 3 минуты
Чтобы сделать тот же объект меньше можно экспортировать из игры какой нибудь реферальный объект, что то занимающее чётко одну клетку (у гномов есть какая то решетка огненной канализации" и по нему подстроить в максе размер.
Или закинуть модель как эффект поверх объекта и отредактировать размер эффекта.