Waterfall_13, а ты можешь скрин альфа канала скинуть? Может все дело просто в нем?

Есть подозрение, что просто альфу кривовато нарисовал. Впрочем могу быть не прав. 
Ты просто как альфу делал? Выделял на изображении черное и на альфа канале заливкой фигачил?

Если так то попробуй, вместо этого, просто скопировать оригинальное изображение и вставить на альфа канал. На альфа канале оно станет черно белым. А потом яркость по вкусу отредактируй и все. 

Добавлено через 10 минут
Есть еще вариант, что редактировать нужно не настройки экспорта изображения, а xdb файл отвечающий за текстуру или матерьал. Точно не помню, но там вроде была функция отвечающая за действия с альфа каналом. И там есть разные значения. В том числе и нормальная обработка полупрозрачности или только жесткое "видно/не видно". Нужно смотреть и сравнивать, как эти xdb файлы настроены у разных материалов и текстур.