Только что проверил как мой герой работает с чистой копией игры. Мой друг скачал игру, я ему скинул .pak, он его запихнул в data. В редакторе карт герой присутствует, выбрать его как героя в ново-сгенерированной карте можно.

В index.bin хранятся пути до всех нужных файлов, в том числе AdvMapObjectLink, Texture, Model, и так далее. Я посмотрел, подумал, и вручную вроде этот файл не поменять - хотя я попытаюсь в будущем - из-за различных символов назначение которых я не понимаю.

Теперь index.bin есть в самом .pak нового героя, так что беспокоиться не нужно.

В любом случае, методом тыка и размышлений, я пришёл к выводу что я смог сделать мод правильно, пусть даже и через странные петляющие пути. В следующий раз воспользуюсь возможностями редактора для упрощения своей же жизни.