А каждое открытие карты оставляет кэш в Папка/Editor/H5Mods/, который и висит открытым в редактое, пока не нажмёшь CloseMOD. Собственно, до первого следующего открытия карты все "пропавшие" файлы лежат там.
В связи с этим в случае любого вылета следует не бежать открывать карту и смотреть, что сохранилось, а отдельно скопировать из /Editor/H5Mods/ИмяКарты/ все файлы.