Множественные проходы это работа оригинального алгоритма.
Те же ворота подземного мира, действительно всегда генерятся по 3 штуки.
Ничего плохого в этом я не вижу, всегда хорошо иметь альтернативу.
Насчет множественных монолитов в одну зону, в примере это зона 21, сформировал ту же карту, без изменения монолитов, и в зону красного также ведут 3-и монолита.
Т.е. это оригинальный алгоритм. И происходит так из-за того что в шаблоне указана двойная связь 1-21.
Насчет размера зон, там все гораздо сложнее.