Доброго. Играем с детьми в оффлайне с HD-модом, обелиски пропали впринципе везде. Как вернуть? Спасибо 

Уточните: пропали с одиночной карты, где они были? В тех местах ничего нет? Или на случайно созданной карте нет обелисков?
Давайте карту, сэйв (если прикрепить вложением здесь не получится, загрузите в облачное хранилище Гугла, Яндекса или Mail.ru и дайте ссылку), укажите вашу версию HD мода. Тогда можно будет выяснить: в чем причина.

Скорее всего, при создании случайной карты включена галочка "Отключить Обелиски"

Пропали из одиночной игры, из компаний. Прошли всю компанию Возрождение Эрафии, не было ни одного обелиска. 
Так же, заметил, что изменились уникальные умения существ, например, раньше у минотавров была способность блокировать атаку, у существ дальнего боя были способности типа 1/2 или полный урон в ближнем бою.
HD mod 5.2

По описанию подозреваю, что у вас не оригинальное "Дыхание смерти" или "Полное собрание", а WoG (In the Wake Of Gods) или еще какой-то мод, на который уже установлен HD мод, а то и WoG+ERA или более редкий мод. Точнее всё же вы должны нам помочь идентифицировать именно вашу версию "Героев". Может быть, вы дадите (в личном сообщении, чтоб открыто не "поощрять пиратство") ссылку на страницу, откуда вы скачали вашу версию "Героев"? Или описание отуда.
Какая, например, у вас картинка повляется при запуске игры? Вот так выглядят главные экраны "Дыхания смерти" и "Полного собрания":

Скачал с рутре*ера, действительно это "полное собрание" и плюс hd мод. В этом может быть причина? Спасибо 

Ну, вы всё таки можете дать ссылку на ту страницу, откуда скачали, в личном сообщении? Или хоть скопировать и вставить сюда описание оттуда? У вас действительно такая же картинка на главном экране игры, как я приложил к сообщению выше?
Потому что вот это из вашего сообщения никак не является функционалом оригинальной игры, даже с HD модом:
"изменились уникальные умения существ, например, раньше у минотавров была способность блокировать атаку, у существ дальнего боя были способности типа 1/2 или полный урон в ближнем бою".
В конце концов, если вы не можете дать достаточно информации, могу предложить тот репак "Полного собрания", который стоит у меня уже 10 лет и который максимально соответствует оригиналу, только не требует диск. На него вы сами уже установите HD мод. Разве что перед удалением вашей версии перенесите куда-либо сэйвы и (может быть) добавленные карты, если хотите их сохранить.

Картинка главного меню ничего не значит; у меня в Эре была картинка ПС, когда установил мод на все оригинальные кампании. Скорее всего, у парня то же самое.