Можно. Выбираете город, в левом меню раскрываете CreaturesUpgradesFilter, ForbiddenAlterUpgrades, add и добавляете номера уровней, которые надо запретить.
у меня в игре EWA есть третий вид апгрейда существ и очень много нейтральных существ, можно ли как нибудь поставить или заменить один из существующих апгрейдов в городе?
В EWA вроде как NCF вшит. Это можно сделать с помощью мода: нужно отменить принадлежность текущих апгрейдов к фракции, убрать ссылки на другие апгрейды и всё такое, а в нейтральном существе соотвественно всё это прописать.