нашел как заставить редактор карт сохранять файл index.bin в карте - для этого надо открывать по другому кнопкой
Unpack Mod, а сохранять карту кнопкой*
Pack Mod (для этого надо включить расширенный редактор карт)
кстати здесь вы можете видеть что бывает если заунуть в карту index.bin из data.pak и не использовать файл-пустышку - все файлы в окне показаны дважды
